Институт естествознания, физического воспитания, туризма и аграрных технологий — один из старейших институтов, обладающий традиционной структурой в сфере высшего образования и научных исследований. Он является ровесником Ошского государственного университета.

Согласно постановлению №1142 Совета Народных Комиссаров Киргизской ССР от 10 августа 1939 года был открыт Ошский учительский институт, на базе которого в 1940 году впервые был осуществлён приём студентов по специальности «естествознание и география». В 1944–1945 учебном году на первый курс было принято 59 студентов. На основании совместного постановления ЦК КП Киргизской ССР и Совета Министров Киргизской ССР от 18 июля 1951 года был образован Ошский государственный педагогический институт, в структуре которого открылась кафедра естествознания и географии. В 1952–1953 учебном году на факультете естествознания функционировали кафедры ботаники, зоологии, химии и физического воспитания. В 1954–1955 годах факультет получил название биологического факультета.

В 1960 году, в связи с началом подготовки специалистов по географии, факультет был переименован в факультет естествознания и географии. Для расширения его материально-технической и учебно-методической базы на левом берегу реки Ак-Буура была организована агробиостанция, где открылись лаборатории по дисциплинам ботаника, зоология и основы сельского хозяйства, а также начали проводиться научно-исследовательские эксперименты.

В период с 1966 по 1973 годы факультет снова функционировал под названием биологического факультета.

В 1985 году на базе кафедры зоологии была вновь открыта специальность «география».

В 1988 году факультет переехал в новое здание, которое используется и по сей день, что позволило значительно улучшить материально-техническую базу.

В 1992 году было открыто сельскохозяйственное отделение, и началась подготовка кадров по специальностям зооинженерия и агрономия. С 1996 года были открыты специальности агроэкология и агроэкономика.

В 2001 году началась подготовка специалистов по направлению «прикладная геодезия».

В 2012 году в связи с переходом высшего образования Кыргызстана на двухуровневую систему в структуре факультета была начата подготовка бакалавров и магистров. В том же году был осуществлён приём на бакалавриат по направлению «туризм».

В 2014 году начался приём в магистратуру по направлениям естественнонаучного образования (биология, химия, география) и туризма.

В 2018 году была вновь открыта специальность «ветеринария». В этом же году началась подготовка специалистов среднего профессионального образования по направлениям туризм, ветеринария и геодезия (в 2020 году они были выделены в отдельный колледж).

В 2020 году началась подготовка бакалавров по направлению «агрономия».

На основании решения Учёного совета ОшГУ от 28 января 2022 года (протокол №4) и приказа ректора от 3 марта 2022 года (№315-ФХД/22) факультет естествознания и географии был преобразован в факультет естественных наук, туризма и аграрных технологий .

На протяжении истории развития факультета в связи с требованиями времени и ростом числа студентов происходили структурные изменения: в 1990–1992 годах — факультет географии, в 2002–2009 годах — факультет географии и природопользования, в 2005–2008 годах — факультет химии и фармацевтики функционировали как самостоятельные структуры.

С 19 января 2019 года факультет возглавляет доктор географических наук, профессор А.Г. Низамиев.